Após anunciar voto em Luiz Inácio Lula da Silva (PT) na disputa do segundo turno contra Jair Bolsonaro, o candidato à Presidência em 2018, João Amôedo, teve a sua filiação suspensa pelo Novo. O partido não confirmou que o apoio a Lula foi o que motivou o afastamento. O Novo ainda informou que a filiação foi suspensa enquanto Amoêdo é alvo de um processo disciplinar por “possíveis violações estatutárias”.
O deputado federal pelo Novo no Rio Grande do Sul, Marcel van Hattem, disse que a Comissão de Ética havia enviado comunicado sobre a suspensão alegando “risco de dano grave e de difícil reparação à imagem e reputação do Novo”.
Neste segundo turno, Amôedo, ferrenho crítico do PT, anunciou apoio a Lula (PT) ao dizer que seu direito de fazer oposição estaria “mais preservado com Lula, que com Bolsonaro”. O posicionamento gerou críticas dentro do partido, com diversos personagens políticos criticando Amôedo. O atual presidente do Novo, Eduardo Ribeiro, disse que a postura era “vergonhosa”.
O Novo teve Felipe D’ávila como candidato à Presidência nesta eleição, mas a votação foi inexpressiva. No segundo turno, o partido não se posicionou em apoio a nenhum dos candidatos e liberou os seus filiados e eleitores a votar de acordo com a “consciência” e “princípios partidários”.